Joniškio Šv. apaštalo Jokūbo bažnyčia stovi Joniškio miestelyje, Arino ežero šiaurės vakariniame krante. Pirmąją bažnyčią 1726 m. pastatė jėzuitai.
Klebono F. Petrausko ir parapijiečių rūpesčiu 1848 m. pakeisti bažnyčios sienojai.
Bažnyčia stačiakampio plano, dvibokštė, su trisiene apside ir 2 žemesnėmis zakristijomis. Vidus 3 navų, su kolonomis. Šventoriuje, kuris aprėmintas akmenų mūro tvora, palaidotas kunigas Stanislovas Šlamas (1866–1951), draudžiamos spaudos platintojas.