Manoma, kad karaimus, tiurkų grupės tautą, gyvenusią dabartinio Krymo teritorijoje, kaip ir totorius, Lietuvoje įkurdino Lietuvos didysis kunigaikštis Vytautas 1397 – 1398 metais, siekdamas stiprinti Trakų miesto gynybinį potencialą. Karaimams Vytautas, vėliau Kazimieras, suteikė privilegijų, leido turėti savivaldą. Jiems buvo skirta žemė Trakų šiaurinėje dalyje, kuri nebuvo jų nuosavybė – po šeimininko mirties atitekdavo kitai šeimai. Aleksandro ir Žygimanto Senojo privilegijos atleido karaimus nuo muito mokesčių visoje valstybėje, sargybos bei derliaus nuėmimo prievolių senųjų Trakų dvare. Tik 1863 metais karaimų teisės buvo sulygintos su vietinių gyventojų. Šiuo metu visoje Lietuvoje gyvena kiek daugiau nei pustrečio šimto karaimų. Įdomu tai, kad dažnai istoriniuose šaltiniuose karaimai buvo įvardinami - Trakų žydais. Tikėtina, kad krikščionių akimis karaimai ir žydai menkai skyrėsi, nes abi tautos rėmėsi Senuoju Testamentu.
Gimtoji karaimų kalba yra tiurkų kipčiakų grupės kalba, kilusi iš arabų, persų ir hebrajų kalbų, tačiau dėl lenkų, rusų ir ukrainiečių įtakų, karaimų kalboje atsirado daug slaviškų žodžių. Įdomu, kad apie 100 karaimų Lietuvoje geba kalbėti karaimų kalbos Trakų tarme. O tarpukariu Turkijos prezidentas Mustafa Kemalis Atatiurkas buvo atsiuntęs kalbininkus į Trakus, kad susipažintų su išlaikytomis senomis žodžių formomis ir apvalytų turkų kalbą nuo svetimžodžių.
Kenesa yra karaimų maldos namai. Trakų kenesa yra unikalus statinys, nes tėra viena iš dviejų Lietuvoje veikiančių kenesų, o tai pat – seniausia. Kita yra Vilniuje. Karaimų tikėjimas yra judaizmo atmaina, išpažįstanti Senąjį Testamentą. Kenesoje altorius yra pietų pusėje (laidojama taip pat veidu į pietus). Kenesos sienos ir lubos paprastai dekoruojamos geometriniais ir augaliniais ornamentais. Kaip ir kitose Rytų religijų šventovėse, vyrai ir moterys meldžiasi atskirai. Kenesoje visiems privalu turėti galvos apdangalą, kurio forma nėra griežtai nustatyta.
Dabartinėje vietoje stovėjusi kenesa nuo XIV a. pab. XVI a. pr., sudegė ir buvo atstatyta 1533 metais. Po to dar kelis kartus iki XVIII a. buvo griauta ir atstatyta. 1727 ir 1773 m. pastatas apgadintas, po to remontuotas. Taip pat kenesa degė per 1794 metų gaisrą. O 1812 metais kenesą sudegino tuo metu per Trakus ėję prancūzų kariai. Dabartinę šventovę ruoštąsi statyti mūrinę, tačiau dėl lėšų stygiaus apie 1825 m. buvo pastatyta ši - medinė.1894 m., ji nutinkuota iš lauko ir vidaus, ant stogo iškeltas, dabar matomas, bokštelis-žibintas, 1903 - 1904 m. remontuota, 1997 m. restauruota, o 2016 m. buvo restauruotas kenesos stogas.
Dėl savo amžiaus, per beveik visą Lietuvos valstybės gyvavimo laikotarpį, nekintančios vietos Trakų kenesa vertintina ir saugotina dėl savo archeologinės, architektūrinės, dailės, etnokultūrinės ir sakralinės reikšmės. Jos vertingosiomis savybėmis laikomas jos tūris, aukštų išplanavimas, fasadų apdaila ir puošyba, konstrukcijos, vidaus dekoras, interjeras, žemės ir jos paviršaus elementai, takai bei keliai.