Puošnią gotikinę-barokinę bažnyčią rasite netoli miestelio centro. Bažnyčia savo dabartinį barokišką vaizdą įgavo po rekonstrukcijos 1648 m. Manoma, kad pirmoji bažnyčia pastatyta iš čia stovėjusios tvirtovės dar iki 1387 m. Lietuvos valdovai, pradedant Kazimieru Jogailaičiu, bažnyčią nuolat materialiai aprūpindavo, nes patys čia dažnai lankydavosi. Manoma, jog Merkinė kadaise galėjo tapti Lietuvos sostine, o bažnyčia virsti arkikatedra. Iškalbinga, jog Jogaila vienu metu suteikė Magdeburgo teises Merkinei ir Vilniui, tačiau tai padarė iš Merkinės.