Muziejuje supažindinama su Merkinės istorija, dzūkų buitimi, merkiniškių verslais, juodąja keramika, žydų gyvenimu Merkinėje. Vienas vertingiausių eksponatų – 1670 m. J. Delamarso Vilniuje nulietas varpas Merkinės rotušei. Taip pat įdomi sovietinės simbolikos ekspozicija iš komunistų partijos propagandos knygų, vėliavų ir sovietinių ideologų bareljefų.