Pirmoji Liškiavos bažnyčia mena XVI a. pradžią. 1677 m. Liškiavos dvaro savininkas Vladas Jurgis Kosila savo turtus kartu su nauja medine bažnyčia dovanojo Seinų dominikonams. Dėl turtų domininkonai turėjo kovoti teismuose, nes dvarininko giminės visai nenorėjo su jais skirtis. XVIII a. domininkonai pastatė vienuolyną ir mūrinę vėlyvojo baroko stiliaus bažnyčią, kurią matome ir dabar. Tiesa, 1808 m. ją uždegė žaibas. Bažnyčia nuo seno garsėja viename iš šoninių altorių esančiu stebuklingu dievo Motinos paveikslu.