Valdžia 1908 m. leido Rūdiškėse statyti bažnyčią, Trakų parapijos filiją. 1909 m. į Rūdiškes paskirtas kunigas A. Žemaitis gyvenamajame name įrengė altorių ir pradėjo laikyti pamaldas. 1913 m. įsikūrė „Ryto“ draugijos skyrius. 1921 m. įkurta parapija.
Kunigas J. Jurkevičius su parapijiečiais 1925–1932 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. Ji 1980 m. remontuota. Bažnyčia istoristinė, turi neoromaninių ir neogotikinių bruožų, lotyniško kryžiaus plano, vienabokštė, su bokšteliu. Vidus 3 navų. Šventorius apmūrytas.