Bažnyčia stovi Šaukėnų miestelyje, Šonos (Ventos dešiniojo intako) dešiniajame krante. Šaukėnų bažnyčia minima 1497 m. Šaukėnų bažnyčia ne kartą buvo perstatyta. 1947 m. pastatyta dabartinė medinė, karkasinė bažnyčia.
Bažnyčia stačiakampio plano, su 2 bokšteliais. Šventoriaus tvora medinių statinių, su mūriniais arkiniais vartais. Šventoriaus vartai įtraukti į saugomų kultūros paminklų sąrašą. Išlikusi XVIII a. varpinė.